办理商检程序如下：

1、做好商检资料：装巷单、发票、外销合同、报检委托书（如果是找别人代理报检的话）、进出口企业报关登入证（有些地方不用）、报关单（有些地方也许不用）、检测单（如遇到需要检测的产品）。

2、报检：自己单位有报检员的话，就直接在报检系统上申报；如果没有就找代理报检单位报检。

3、缴费

4、检验人员验货：拿报关资料到检验检疫科找验货人员，验完货后会在商检局出具的表格上写上验货结果，然后工作人员签字就行。

5、拉通关单：拿着签字的报检资料到签证外签证。